牛北方
牛北方
niubf@cnic.cn
岗位:研究员
专家类别:博士生导师
学历:博士研究生

现任高性能计算部副主任,中国科学院大学岗位教授,中国科学院大学计算机学院和存济医学院博士生导师。长期从事高性能计算与生物信息学交叉科学领域的研究工作,先后承担了国家重点研发计划、国家自然科学基金、中国科学院先导专项等10余项课题/项目,在Nature、Nature Genetics、Molecular Plant等国际期刊发表SCI检索论文70余篇,总被引用27000余次。代表性工作包括提出了基因组微卫星不稳定性信号探测的MSIsensor算法体系,被应用于美国FDA批准的首个NGS肿瘤基因检测产品(MSK-IMPACT),同时被超过27个国家的670个临床研究项目所应用,为癌症的精准诊治做出了一定贡献。曾获2015年美国10大临床研究成就奖(Top 10 Clinical Research Achievement Awards for 2015),入选2022年“全球前2%顶尖科学家榜单”(Stanford's List of World's Top 2% Scientists)。

承担科研项目等情况

主持国家重点研发计划课题、国家自然科学基金面上、国家自然科学基金重大研究计划、中国科学院先导专项等10余项课题/项目,在Nature、Nature Genetics等期刊发表论文70余篇,总被引用30000余次。代表性算法体系MSIsensor在2017年获得美国FDA批准,被国际上700余个临床研究项目所应用。曾获2015年美国10大临床研究成就奖(排名:8/33),入选2022年美国斯坦福大学发布的“全球前2%科学家榜单”。

代表论著
[1]. XiaoliShi, …, Beifang Niu#, Jun Xiao#, Junming Li#, Hong Qing Ling#. (2022). Comparative genomic and transcriptomic analyses uncover the molecular basis of high nitrogen-use efficiency in the wheat cultivar Kenong9204. Molecular Plant, 15(9):1440-1456. (#co-corresponding authors)
[2]. Xinyin Han*, Shuying Zhang*, …, Li Ding#, Beifang Niu#. (2021). MSIsensor-ct: microsatellite instability detection using cfDNA sequencing data. Briefings in Bioinformatics, 22(5): bbaa402. 
[3]. The ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium. (2020). Pan-cancer analysis of whole genomes. Nature, 578(7793): 82-93.
(#Beifang Niu was a member of TCGA Consortium) 
[4]. Zekun Yin, …, Weiguo Liu#, Beifang Niu#. (2019, November). DGCF: A Distributed Greedy Clustering Framework for Large-scale Genomic Sequences. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM): 2272-2279. 
[5]. Beifang Niu*, Adam D. Scott*, Sohini Sengupta*, …, Feng Chen#, Li Ding#. (2016). Protein-structure-guided discovery of functional mutations across 19 cancer types. Nature Genetics, 48(8): 827-837.
[6]. Beifang Niu*, Kai Ye*, …, Michael C. Wendl, Li Ding#. (2014). MSIsensor: microsatellite instability detection using paired tumor-normal sequence data. Bioinformatics, 30(7):1015-1016.
[7]. Cyriac Kandoth*, Michael D McLellan*, Fabio Vandin, Kai Ye, Beifang Niu, …, Li Ding#. (2013). Mutational landscape and significance across 12 major cancer types. Nature, 502 (7471): 333-339.
[8]. Beifang Niu, Limin Fu, Shulei Sun, Weizhong Li#. (2010). Artificial and natural duplicates in pyrosequencing reads of metagenomic data. BMC Bioinformatics, 11:187.